"Jaco" nació John Francis Pastorius III, el primero de tres hijos nacidos de John Francis Pastorius II y Stephanie Katherine Haapala Pastorius. Tenía ascendencia finlandesa, alemana, sueca e irlandesa. Aunque "Jaco" nació en Norristown, Pennsylvania, la familia se mudó posteriormente a Fort Lauderdale. Jaco fue a la escuela primaria y secundaria en la Escuela Católica de San Clemente en Wilton Manors, y fue monaguillo en la iglesia contigua. Fue a la escuela secundaria en Northeast High en Oakland Park. Era un atleta talentoso con habilidades en fútbol americano, baloncesto y béisbol, y aprendió a tocar música a una edad temprana. Tomó el nombre de "Antonio" en su confirmación.

Amaba el baloncesto y lo veía a menudo con su padre, cuyo apodo era "Jack". El apodo de Jaco fue influenciado por su amor por los deportes y también por el árbitro Jocko Conlan. Cambió la ortografía de "Jocko" a "Jaco" después de que el pianista Alex Darqui le enviara una nota. Darqui, que era francés, asumió que el nombre se deletreaba "Jaco"; a "Jaco" le gustaba la nueva ortografía.

Originalmente baterista, siguiendo los pasos de su padre, el baterista de pie Jack Pastorius, "Jaco" se pasó al bajo a los 15 años, después de sufrir una lesión en la muñeca. Aproximadamente en 1970, comenzó a tocar en una banda de nueve trompetas en ese entonces llamada Las Olas Brass, que cubría material popular del día por Aretha Franklin, Otis Redding, Wilson Pickett, James Brown y el Tijuana Brass.

Influencias
Las influencias musicales incluyeron a James Jamerson, James Brown, The Beatles, Miles Davis y Stravinsky. Otras influencias musicales incluyen: Jimi Hendrix, Duke Ellington, Charlie Parker, Paul Hindemith, Frank Sinatra, Tony Bennett, The Band, Santana, Frank Zappa, Bob Marley, Rocco Prestia, Tommy Cogbill, Ray Charles, Charles Mingus, John Coltrane, Otis Redding, James T. Doggington, Cannonball Adderley y Jerry Jemmott.

Carrera musical
Tocó música durante toda su juventud, recurriendo a influencias como Jerry Jemmott, James Jamerson, Paul Chambers, Harvey Brooks y Tommy Cogbill y perfeccionando sus habilidades y desarrollando sus habilidades como compositor en bandas como Wayne Cochran y The C.C. Riders. También tocó en varios discos locales de R&B y jazz durante ese tiempo, como el Quinteto de Ira Sullivan y Woodchuck. En 1974, comenzó a tocar con su amigo y más tarde famoso guitarrista de jazz Pat Metheny. Grabaron juntos, primero con Paul Bley como líder y Bruce Ditmas a la batería, luego con el baterista Bob Moses. Metheny y Jaco grabaron un álbum de fusión titulado Bright Size Life.

En 1975, Pastorius se reunió con el baterista de Blood, Sweat and Tears, Bobby Colomby, a quien CBS Records había dado luz verde para encontrar "nuevos talentos" para su división de jazz. Durante este tiempo, se había encontrado con el tecladista Joe Zawinul en Miami, Florida, donde tocaba su banda Weather Report. Según Zawinul, Jaco se acercó a él después de un concierto la noche anterior y habló de la actuación y de cómo estaba "bien", pero había "esperado más".

El primer álbum de Pastorius, producido por Colomby y titulado Jaco Pastorius (1976), fue un gran avance para el bajo eléctrico. Muchos consideran que este es el mejor álbum de bajo jamás grabado; cuando explotó en la escena del jazz fue reconocido instantáneamente como un clásico. El álbum también contaba con una alineación de pesos pesados en la comunidad de jazz de la época, que eran esencialmente su estelar banda de apoyo, incluyendo a Herbie Hancock, David Sanborn, Lenny White, Don Alias, y Michael Brecker, entre otros. Incluso los legendarios actores de R&B Sam y Dave se reunieron para aparecer en uno de los temas, Come On, Come Over.

Poco después del lanzamiento del álbum, Jaco hizo apariciones como invitado en discos por todo el lienzo de jazz, (el álbum en solitario de Mott The Hoople's Ian Hunter, el álbum en Hejira de Joni Mitchell, y el álbum en solitario de Al Di Meola son destacados, todos lanzados en 1976). Poco después, Pastorius fue invitado a unirse a la banda de fusión Weather Report, donde tocó junto a Joe Zawinul y Wayne Shorter hasta 1982. Es con Weather Report que Pastorius dejó su huella imborrable en la música de jazz, al aparecer en uno de los álbumes de jazz más populares de todos los tiempos, el nominado al Grammy Heavy Weather. Este álbum no sólo mostraba el impresionante bajo de Jaco, sino que también recibió un crédito de co-producción con Joe Zawinul e incluso toca la batería en su propia composición Teen Town.

Durante el curso de su carrera musical, Pastorius tocó en docenas de sesiones de grabación para otros músicos, tanto dentro como fuera de los círculos del jazz. Algunos de sus discos más notables son cuatro álbumes de gran prestigio con el aclamado cantautor Joni Mitchell: Hejira (1976), Don Juan's Reckless Daughter (1977), Mingus (1979) y el álbum en vivo Shadows and Light (1980). Su influencia fue más dominante en la Hejira, y muchas de las canciones de ese álbum parecen estar compuestas usando el bajo como fuente de inspiración melódica.

Para cuando él y Weather Report se separaron amigablemente a principios de 1982, Jaco ya había estado persiguiendo sus intereses en la creación de un proyecto en solitario de Big Band, uno que encontró su debut fonéticamente en su segundo lanzamiento en solitario, que fue distribuido por Warner Brothers, Word of Mouth (que también era el nombre de la Big Band). Al igual que su debut en 1976, Word of Mouth también contó con la participación como invitado de varios músicos distinguidos de jazz; Herbie Hancock aparece de nuevo aquí, al igual que Wayne Shorter y Peter Erskine, ex alumnos de Weather Report, y otras leyendas como el virtuoso de la armónica Toots Thielemans y Hubert Laws.

La composición de la canción en Word of Mouth eclipsó hasta cierto punto su forma de tocar el bajo y realmente abrió los ojos de mucha gente que pensó que su destreza se limitaba al bajo eléctrico. Su producción y capacidad para reunir un proyecto que se grabó en ambas costas de los Estados Unidos fue realmente impresionante.

Viajó de gira en 1982; el punto culminante fue un swing a través de Japón (y fue en ese momento cuando aparecieron por primera vez las extrañas historias sobre el comportamiento deteriorado de Jaco). Esa gira fue lanzada en Japón como Twins I y Twins II y fue condensada para una versión americana conocida como Invitation.

Su comportamiento cada vez más errático comenzó a afectar su carrera musical, y finalmente fue abandonado por Warner Brothers. Para 1984, la Big Band de Word of Mouth también se había astillado. Logró grabar un tercer álbum en solitario, que llegó hasta algunas cintas de demostración sin pulir, un lanzamiento de steel pans teñido titulado Holiday for Pans, que una vez más lo exhibió como más bien un maestro de la música y productor que un bajista. (Nota histórica: Resulta que Jaco ni siquiera tocó ninguna de las partes bajas del contrabando. Algunos años después de su muerte, el bajista Kenny Burrell Jr. confesó haber cometido el acto oscuro.) Jaco no pudo encontrar un distribuidor para el álbum y el álbum nunca fue lanzado, sin embargo, ha sido ampliamente contrabandeado desde entonces. (En 2003, un corte de Holiday for Pans, titulado Good Morning Anya, fue incluido en la antología Punk Jazz de Rhino Records.)

Cerca del final de su carrera, invitó a artistas de jazz como el guitarrista Mike Stern, el guitarrista gitano Bireli Lagrene y el baterista Brian Melvin.

Instrumentos y técnica
Pastorius fue más identificado por su uso de dos Fender Jazz Bass bien usados de principios de los años 60: Un Fretted de 1960 y un Fretless de 1962. El sin trastes era originalmente un bajo con trastes, del cual quitó los trastes y usó relleno de madera para rellenar las ranuras donde habían estado los trastes, junto con los agujeros creados donde se habían sacado los trozos del diapasón. Luego, Jaco lijó el diapasón y aplicó varias capas de epoxi marino (Petit's Poly- poxy) para evitar que las duras cuerdas de bajo Rotosound RS-66 que usaba se comieran la madera desnuda. Aunque tocaba con frecuencia tanto los graves con trastes como los sin trastes, prefería los sin trastes, porque creía que los trastes eran un obstáculo, una vez los llamó "badenes".

El "gruñido del jaco" se obtiene utilizando exclusivamente la pastilla del puente y tocando las cuerdas cercanas a ella. Además, Jaco utilizó los controles de ecualización "Variamp" en sus dos amplificadores Acoustic 360 (fabricados por la Acoustic Control Corporation de Van Nuys, California) para aumentar las frecuencias medias, acentuando así el sonido natural de su combinación de Fender Jazz Bass pasivo sin trastes y cuerdas redondas. Su tono también fue coloreado por el uso de un efecto chorus rackmount (un dispositivo de modificación de sonido fuera de borda similar a un desfasador) que le dio un ligero efecto de duplicación, y su uso del amplificador de bajos original de la marca Acoustic. A menudo usaba el control de pelusa incorporado en el Acoustic 361. Otros efectos que usó en vivo fueron su octaver (un pedal de efecto fuera de borda que proporciona un segundo tono una octava más bajo) y su pedal de sampler MXR que se puede escuchar en su anuncio en vivo con Weather Report, Slang (Jaco hace un pequeño fragmento de ejecución, y luego los solos sobre él).

Pastorius utilizó armónicos naturales y artificiales/falsos para ampliar el rango del bajo (ejemplificado en el solo de bajo Portrait of Tracy de su álbum homónimo) y pudo lograr un tono similar al de un cuerno a través de su técnica de ejecución. Ambos bajos de Fender fueron robados poco antes de que entrara en el hospital de Bellevue en 1986; nunca fueron recuperados. Jaco también hizo que le hicieran dos Jaydee Bass poco antes de morir; uno con y sin trastes.

Problemas de salud y muerte
A principios y mediados de los años 80, Pastorius comenzó a experimentar problemas de salud mental, incluyendo síntomas de depresión maníaca. Estos empeoraron por el uso excesivo de drogas y alcohol. Aunque sus payasadas en el escenario y fuera del escenario ya estaban bien documentadas, sus problemas de salud mental y adicción exacerbaron su comportamiento inusual y a menudo bizarro y sus actuaciones musicales también sufrieron.

A principios y mediados de los años 80, Pastorius comenzó a experimentar problemas de salud mental, incluyendo síntomas de depresión maníaca. Estos empeoraron por el uso excesivo de drogas y alcohol. Aunque sus payasadas en el escenario y fuera del escenario ya estaban bien documentadas, sus problemas de salud mental y adicción exacerbaron su comportamiento inusual y a menudo bizarro y sus actuaciones musicales también sufrieron.

Durante este tiempo tocó en varios actos como solista y en muchos clubes nocturnos en Fort Lauderdale y la ciudad de Nueva York. Se convirtió en un paria en el negocio de la música. Su última dirección en vida fue Holiday Park en Fort Lauderdale. Después de subirse al escenario en un concierto de Carlos Santana el 11 de septiembre de 1987, fue expulsado de las instalaciones y se dirigió al Midnight Bottle Club en Wilton Manors, Florida. Lo que sucedió entonces estaba nublado por la discrepancia. Algunos dicen que intentó patear la puerta de cristal después de que se le negara la entrada, otros dicen que no hizo absolutamente nada y que no hizo nada para merecer su destino. En cualquier caso, terminó en una violenta confrontación con el portero del club, Luc Havan, que fue entrenado en artes marciales. Pastorius fue hospitalizado con múltiples fracturas faciales y una horrible desfiguración en su cara, incluyendo la probable pérdida de su ojo derecho y sufrió daños cerebrales irreversibles. Entró en coma y le pusieron un soporte vital. El aumento de los signos apuntaba a la muerte cerebral y su familia decidió sacarlo del soporte vital. Después de que le quitaron el soporte vital, su corazón continuó latiendo durante tres horas. Pastorius murió el 21 de septiembre de 1987, a la edad de 35 años, en el Broward General Medical Center en Fort Lauderdale.

Tras su muerte, Havan fue acusado de asesinato en segundo grado y fue a juicio. Sin embargo, Havan sólo terminó cumpliendo cuatro meses por este crimen.

Jaco está enterrado en el cementerio de Nuestra Señora Reina del Cielo en North Lauderdale.